Bước vào những năm đầu của thế kỷ 21, đất nước đẩy mạnh quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa và hội nhập quốc tế. Quá trình này đã tạo ra những biến đổi về cấu trúc và các quan hệ trong xã hội Việt Nam, đặt ra nhiều vấn đề mới đòi hỏi xã hội học phải đi sâu nghiên cứu, xem xét và lý giải.

    Trong giai đoạn này, Viện Xã hội học đẩy mạnh các hoạt động nghiên cứu và tư vấn chính sách cho các cơ quan Đảng và Nhà nước. Chủ đề nghiên cứu bao quát những vấn đề biến đổi cấu trúc, bất bình đẳng và các quan hệ xã hội nhằm xây dựng mô hình phát triển xã hội bền vững. Những nội dung cụ thể được Viện quan tâm như: phân tầng và bất bình đẳng xã hội; những vấn đề về nông thôn và nông dân; di cư và sự hòa nhập cuộc sống của các nhóm người di cư ở đô thị; vai trò của Nhà nước, cộng đồng, gia đình trong chăm sóc sức khỏe, an sinh xã hội và công tác xã hội, ứng phó của người dân trong điều kiện biến đổi khí hậu, môi trường suy thoái, di chuyển lao động, những vấn đề biến đổi khuôn mẫu văn hóa, những vấn đề về niềm tin xã hội, nguồn nhân lực, hộ khẩu v.v.

    Bên cạnh nguồn kinh phí được cấp từ ngân sách Nhà nước cho các đề tài nghiên cứu, Viện còn chủ động khai thác tài trợ từ các nguồn lực trong nước và quốc tế nhằm bổ sung cho các hoạt động nghiên cứu của Viện. Nhờ đó, Viện đã mở rộng các hoạt động nghiên cứu, nâng cao năng lực, trao đổi học thuật nhằm bồi dưỡng trình độ nghiên cứu cho cán bộ, của Viện. Nhiều cán bộ của Viện trưởng thành, trở thành chuyên gia có trình độ, có khả năng chỉ đạo thực hiện các chương trình nghiên cứu trong nước và quốc tế một cách độc lập. Trong thời kỳ này, các cán bộ trẻ được Viện tạo điều kiện tham gia hoặc làm chủ nhiệm các nhóm đề tài nghiên cứu. Một số cán bộ trẻ được cử đi đào tạo sau đại học ở nước ngoài, là lực lượng kế cận của Viện trong 10 năm tới.

    Đặc biệt, các kết quả nghiên cứu đã được công bố và chia sẻ rộng rãi tại các hội thảo khoa học trong nước và quốc tế. Hàng năm, các báo cáo xã hội (từ năm 2000 đến nay) do Viện thực hiện được đăng tải trên các tạp chí khoa học xã hội có uy tín ở Việt Nam. Nhiều công trình nghiên cứu xã hội học được xuất bản thành sách chuyên khảo và giáo trình, sử dụng rộng rãi trong hoạt động nghiên cứu và đào tạo.