Công cuộc Đổi mới trong một số các lĩnh vực của đời sống xã hội Việt Nam, đặc biệt về kinh tế với sự chuyển đổi sang nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa tạo nên sự khác biệt đáng kể giữa các nhóm xã hội, các tầng lớp dân cư, các khu vực, vùng miền khác nhau. Các quan hệ và quá trình xã hội biến đổi thường xuyên và ngày càng trở nên phức tạp về sắc thái và mức độ. Chính sự đa dạng này đã đòi hỏi các nghiên cứu xã hội học đi sâu tìm hiểu, phát hiện các vấn đề từ thực tiễn Đổi mới. Các sự kiện và hoạt động xã hội mới nảy sinh đã đặt ra rất nhiều câu hỏi cho các nghiên cứu xã hội học trong giai đoạn này.

    Vào những năm cuối thập niên 90 của thế kỷ 20 và đầu thế kỷ 21, các nghiên cứu của Viện Xã hội học gia tăng cả về số lượng và chất lượng. Nhiều chương trình, đề tài cấp Nhà nước, cấp Bộ và cấp Viện đã được triển khai. Chủ đề nghiên cứu mang tính phổ quát trong giai đoạn này là "Những biến đổi xã hội và văn hóa trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước" với những nội dung cụ thể như: cơ cấu xã hội, phân tầng xã hội và định hướng giá trị, những vấn đề về biến đổi dân số và chính sách dân số, những biến đổi của gia đình Việt Nam, sự chuyển đổi cơ cấu lao động ở nông thôn và đô thị, vấn đề văn hóa, phúc lợi xã hội, sức khỏe môi trường, lao động công nghệ và những đổi mới trong hệ thống chính trị ở cấp cơ sở, v.v.

    Cùng với cơ chế mở của nền kinh tế thị trường, Viện đã chủ động khai thác các nguồn kinh phí khác trong nước và quốc tế để hỗ trợ cho các hoạt động nghiên cứu, bên cạnh nguồn kinh phí được cấp từ ngân sách Nhà nước để mở rộng các hoạt động nghiên cứu, tổ chức các khóa đào tạo nhằm nâng cao trình độ chuyên môn cho cán bộ nghiên cứu trong và ngoài Viện. Nhiều cán bộ của Viện đã trưởng thành nhanh chóng, có khả năng nghiên cứu độc lập không chỉ trong khuôn khổ các đề tài do Viện thực hiện mà còn tham gia phối hợp với nhiều cơ quan, tổ chức trong nước và quốc tế. Một số cán bộ đã trở thành những chuyên gia đầu ngành trong các lĩnh vực nghiên cứu xã hội học và phát triển xã hội.

    Kết quả của các công trình nghiên cứu này đã được trình bày tại các hội thảo và đăng tải trên các tạp chí khoa học trong nước và quốc tế, đặc biệt là Tạp chí Xã hội học. Nhiều công trình nghiên cứu đã được xuất bản thành sách chuyên khảo, giáo trình xã hội học và được phát hành rộng rãi trong nước, góp phần khẳng định vai trò của xã hội học trong phát triển.

    Cũng trong giai đoạn này, lực lượng của Viện được bổ sung bởi đội ngũ cán bộ nghiên cứu có trình độ chuyên môn cao sau khi hoàn thành chương trình nghiên cứu sinh từ các nước Liên Xô, Cộng hòa Dân chủ Đức, Bungaria, Ấn Độ trở về. Tuy nhiên, với tầm nhìn dài hạn, Viện tiếp tục đẩy mạnh và tăng cường đào tạo nguồn nhân lực bằng việc lựa chọn và cử các cán bộ nghiên cứu trẻ đi đào tạo tại các nước Australia, Mỹ, Thụy Điển, Nhật Bản, Pháp, v.v. Đây là cơ hội thuận lợi để các nhà xã hội học Việt Nam có điều kiện tiếp thu tri thức mới từ các nước có nền xã hội học phát triển. Đội ngũ cán bộ nghiên cứu có trình độ chuyên môn cao, được đào tạo từ nhiều nước khác nhau đã mở ra những định hướng mới cho hoạt động nghiên cứu của Viện, nâng cao chất lượng nghiên cứu, mở rộng các quan hệ hợp tác quốc tế với nhiều đề tài, dự án được hỗ trợ từ các tổ chức quốc tế.